(1)阴茎完全缺失：多合并尿道畸形，治疗相当困难，过去施行一体，容易被误认为隐睾或单睾症。睾丸、附睾附着异常，可致精阴茎成形术效果不好。好切除睾丸，做尿道阴道成形术。青春期后以雌激素维持女性性征。
(2)潜伏阴茎：因阴茎发育短小，而被会阴、阴囊、耻骨等处的脂肪所掩盖。随着发育过程中脂肪减少，阴茎就会露出来。也可以通过整形手术把阴茎“解放”出来，就能恢复正常了。
(3)先天性阴茎扭转：阴茎扭转时，尿道口方向改变。少数人可有勃起时的隐痛等症状，还容易合并异常勃起。
(4)双阴茎：有平行或前后排列的两条阴茎，需手术治疗。
(5)阴茎过大或过小：过大时可做整形术截短。过小，病因复杂，须针对病因适当处理。
可分为生理性包茎、假性包茎(包皮过长)、真性包茎和嵌顿包茎。
如果包皮与龟头粘连，或包皮有横向走行的血管，或包茎严重而从不翻起清洗，可能限制龟头的发育，甚至出现包皮垢与尿中沉淀物、细菌等构成的硬疙瘩。症状严重者需手术治疗。
(7)阴茎阴囊反位：可行手术校正。
(8)尿道上裂和下裂：前者少见，后者多见，可影响勃起，可行手术治疗。
输精管、前列腺、精囊腺的先天性异常有哪些?
(1)输精管畸形：在胚胎早期，因中肾管停止发育或有缺陷可导致输精管发育畸形。其病因可能与遗传(染色体异常)、放射线、化学物质、激素、病毒、环境等因素有关。输精管发育异常可分单侧或双侧。输精管有的完全闭锁或缺如，也有的部分缺如。后者又可分为外缺如(输精管阴囊段缺如)和内缺如(输精管盆腔段缺如)两种。常伴有精囊缺如或纤维化，也可合并附睾发育不全或输精管缺如，或有输尿管或膀胱一角区异常，但是睾丸均正常。如果不并发其他畸形，只是单纯性输精管缺如，性欲和性功能均正常，但不育。临床表现为无精症，但血清激素水平均正常，可经睾丸活组织检查证实。如有可能，可行手术治疗，将输精管残端与附睾进行吻合。
(2)前列腺发育不全：多与其他性器官发育不全合并存在。前列腺囊肿可并发排尿困难。
(3)精囊腺缺如：合并不育症，可由糖浆果糖水平极低和精液量少初步判断，并根据输精管精囊腺造影术确诊。cfy
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